La SEN-CSU est composée des directions et services ci-après :
• La Direction de l’Administration et des Finances
• La Direction des Assurés
• La Direction des Prestations
• La Direction des Systèmes d’Informations
• La Cellule de Communication
• La Cellule du Contrôle de Gestion
• La Cellule de l’Audit Interne
• La Cellule Juridique
• La Cellule passation des marchés
• Agence Comptable
• Médecin conseil principal
• Conseillers techniques
L’Agence compte également dans chacune des quatorze (14) régions un Service régional et quatre (4) Pôles qui assurent la coordination des régions.